直肠息肉具有一定的恶变倾向，发现以后应当尽早的行手术切除，防止出现恶变，根据息肉的位置、体积的大小，可以选择不同的手术方式，可以经内镜下手术切除，也可以经肛门、经骶尾部行直肠息肉切除。可以行传统的息肉切除，也可以腹腔镜下行微创手术方式。
如果直肠息肉位置比较高，可以行内镜下圈套摘除息肉法，术后一定给予止血、抗炎治疗，防止出现大出血或者感染等。如果直肠息肉位置比较低，还可以经肛门行息肉切除切除，术后送检病理。
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